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检测基因组序列的变异；标记特定基因序列。

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QTL定位是广泛运用于数量性状的定位，可以克隆功能基因和用于分子标记辅助育种

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高通量测序数据拼接、EST序列拼接，BAC及中小基因组组装；序列比对，同源性 搜索；多序列全局比对，同源进化树构建；EST的基因组定位，可变剪切形式确定；Promoters预测与查找，CpG岛，调控元

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